¿Software que modifiqua el comportamiento del hardware sin contar con Windows?

Hola:
Expongo a los expertos mi duda. Procuraré ser claro:

Premisa: tengo dos Windows XP en sendas particiones de distintos discos
duros del mismo PC. Si un problema afecta al comportamiento del hardware en
los dos Windows a la vez, suelo pensar que el problema está en el hardware.

Pero, últimamente me han ocurrido dos cosas distintas en las que el mal
funcionamiento del hardware ha ocurrido en los dos Windows a la vez, y, sin
embargo, parece haber sido provocado por el software instalado únicamente en
uno de los dos Windows.

1. Primer Caso:
1.1. Instalé en uno de los dos Windows XP (previo punto de restauración,
claro) el CloneCD. En ese Windows tenía ya el Nero 6 y el Easy Creator 6
actualizados y funcionando bien. Es claro que, al abrir el CloneCD se
"bloquea" el acceso a las unidades de CD-ROM (lector y grabadora) para
otros softwares (no así en el Nero6, que no las bloquea).
1.2 Al intentar la copia de un CD, el Clone CD quedó como muerto, sin
que llegara a funcionar la copia.
1.3 Al reiniciar Windows comprobé que habían desaparecido en él las dos
unidades de CD-ROM. La restauración a un punto previo, incluso, no hizo que
aparecieran.
1.4 Inicié el otro Windows XP y en él tampoco aparecían dichas unidades.
1.4 Todo ello lo había hecho con reinicios "en caliente". Apagué el PC
y, al reiniciar aparecieron las unidades de CD-ROM en los dos WindowsXP.

2. Segundo Caso (expuesto en forma de consulta ayer sábado, en este foro; a
posteriori, no parece ser un problema de temperatura, como sugirió JMT).
2.1 Reinstalé en uno de los dos WindowsXP la nueva release de un
software multimedia que he usado hace años sin problema alguno (Musicmatch).
Al acabar me pidió que reiniciase el sistema.
2.2 Al reiniciar, justo cuando se pone el monitor en negro antes de
aparecer la pantalla de bienvenida, se inició de nuevo la máquina. Me
ocurrió varias veces.
2.3 Me pasó lo mismo al intentar iniciar el otro WindowsXP (en el que no
está instalado el MusicMatch).
2.4 Apagué el PC; lo encendí al cabo de varios minutos, y el Windows XP
se inició, esta vez, sin problema alguno.
2.5 A partir de entonces he hecho unos cinco reinicios en caliente, sin
dificultad aparente.
NOTA: Hice la prueba de instalar la misma versión del MusicMatch en
otros dos PCs, y en ninguno de los dos me pidió al acabar la reiniciación
del sistema.

3. ¿Conclusiones?
Una explicación (para la que me faltan conocimientos técnicos) sería que
las aplicaciones CloneCD y Musicmatch hayan "ejecutado" un mandato que
modifica el comportamiento del hardware (bloqueo de los CD-ROM; reinicio del
PC, respectivamente), que, curiosamente "esté por encima" del propio
Windows. Esto está claro porque repercute también en el funcionamiento del
"otro" Windows XP, que no tiene instalado dicho software. Y serían mandatos
que dejan de ejecutarse con un reinicio en frío que hace volver todo a la
normalidad.

4. Pregunta
Si es cierta la conclusión, dónde está el problema ¿en el software? ¿en
mi placa base? ¿en los dos?
¿Qué solución tiene esto?

Agradecería sugerencias.
Saludos

Lorenzo
lorenzo.juanNOSPAM@telefonica.net

Datos del PC:
Placa base ASUS P4PE-X
Procesador Intel Pentium 4HT, 2.800 MH