despues de clonar mi HD cual es el siguiente paso

tenia un HD de 40GB con una particion (CiD) y arranca dual
(ultimamente tenia uno de los arranques con tiempo cero)
ahora he comprado un HD de 120GB i le he clonado (con true
imaging) la particion del XP (D) y con el partition magic
he fusionado la particion copiada con el resto de disco
que quedaba libre y ahora tengo el XP clonado en la Unidad
G (de momento este discxo lo tengo como esclavo)Segun
partition magic (ya he visto que no os gusta mucho pero yo
no tengo otro programa para gestionar particiones)ha
redireccionado todas las referencias al cambiar la letra
de la unidad.
bien la pregunta es si ahora pongo como primario el G
(120GB) las referencias antiguas del arranque dual me
daran problemas??. que debo hacer para borrar estas
referencias???
gracias a todos y perdonad el rollo