Desaparecida configuración y datos usuario - c:/user/temp

Hola a ,
a un pariente mío que vive demasiado lejos para que yo le pueda
ayudar, le ha pasado algo que me trae de cabeza.
A este punto ya solo le queda llevarlo a un servicio técnico y que le
hagan un formateo, pero yo me he quedado con la insana curiosidad del
informático en lo referente a estos temas.

Ahí va la descripción del problema tal como me lo contó:

Todo iba bien (lo bien que el Vista permite ir las cosas), hasta que
se decidió instalar el Messenger 2009. Mientras la instalación iba
para adelante, el Vista preguntó que si quería instalar unas nuevas
actualizaciones (desconozco cuales aunque tiendo a creer que se
tratara del SP1). Se le dijo que no y se continuó normalmente con el
Messenger y con las tareas comunes.

Se apagó el PC y al encenderlo al día siguiente, Vista al arrancar,
empezó con la instalación de las actualizaciones (¿no se le había
dicho que no?). Al terminar las actualizaciones, pide la contraseña de
usuario (como siempre), la acepta y abre el escritorio (como siempre)
y aquí la sorpresa:

Skype pide otra vez el usuario y la contraseña;
Messenger igual;
El Winrar pide otra vez que se haga la asociación de los archivos;
El Office pide la clave de usuario;
eMule no está configurado;
Todo esto y mas configuraciones se piden cada vez que se vuelve a
encender el equipo.
Diferentes archivos no están asociados con sus respectivos programas y
las carpetas de sistema han desaparecido del escritorio.

Al entrar en la carpeta c:/usuarios/nombreusuario, se observa que
todos los archivos están ahí, entonces se vuelven a poner los accesos
directos en el escritorio (Botón derecho en el escritorio -->
Propiedades --> Iconos del escritorio, etc.).

Ahora, en teoría, debería de ser posible acceder a los documentos,
fotos, etc, desde la carpeta "nombreusuario" en el escritorio, pero al
abrirla están todas las carpetas "música", "documentos", "vídeos",
etc. (todas vacías) y una carpeta llamada "nombreusuario" que a su vez
contiene "documentos", "vídeos", "música", etc. donde SI están los
datos de verdad.

Esquematizando sería:

C:
Usuarios
Public
Temp
nombreusuario
Escritorio
Documentos (vacía)
Downloads (vacía)
Musica (vacía)
Vídeos (vacía)
nombreusuario
Escritorio
Documentos (llena)
Downloads (llena)
Música (llena)
Videos (llena)

El usuario en cuestión intentó mover sus datos (toda la carpeta
"nombreusuario" y su contenido) al escritorio de la sesión en curso
para volverlos a colocar ordenaditos, pero después de ser movidos no
aparecen en el escritorio, ha desaparecido el usuario "nombreusuario"
y solo quedan los usuarios "Public" y "Temp".

Creo que lo que ha intentado hacer (mover toda la carpeta y su
contenido al escritorio) no ha sido muy acertado porque parece ser que
la sesión en la cual se encontraba era una sesión temporal que el
Vista crea en algunos casos y que luego se borra con todo su
contenido.
Los datos ahora se pueden ver (no he entendido bien en que carpeta
están) y le he aconsejado que los copie a una carpeta nueva en el
disco C:/ y que luego haga un backup antes de formatear.

Necesito obtener más información sobre este problema ya que no consigo
encontrar nada ni se que buscar realmente. Tampoco se si lo he sabido
explicar demasiado bien... por teléfono es difícil aclararse con esta
clase de problemas, especialmente con usuarios poco expertos y con SO
en diferentes idiomas.

¿Hay forma de saber por qué ha ocurrido esto? ¿Se pueden recuperar
esos datos?¿Le ha pasado algo parecido a alguien mas?

Espero poder encontrar respuesta a este tema aunque sea por pura
curiosidad.

Buen día a y gracias por adelantado.
SDT