Actualizar una partición.

Hola! Tengo una duda, se trata de esto:

Yo tengo dos particiones en mi disco duro (C: [donde se encuentra el
SO] y D:), con la carpeta mis documentos redireccionada a D:, pero
también la carpeta Archivos de programa, con la ayuda del editor del
registro, la pasé a D: por cuestiones de espacio.

Mi pregunta es: Si yo quiero actualizar el SO, y solamente me deja
hacer una instalación nueva en C: ¿habrá problemas con el registro
de los programas que ya instalé en D:? Sé que C: y D: son diferentes,
pero creo que el registro del sistema está en C: así que pienso que
si hago un instalación nueva en C., que es la partición primaria, el
registro se reiniciará y algunos datos de los programas instalados en
D: tendrían problemas. ¿O puedo hacer dicha instalaión con total
confianza? ya que puede ser que el registro sólo actualice los datos
del SO.

Gracias.