NTFS o FAT32

Un saludo.
Tengo una computadora algo antigua de hace unos 3 años
que venía con win98, se le ha actualizado el hardware con
suficiente memoria ram 256mb al igual que un dd con 40
gb y dispositivos compatibles para soportar windows xp,
desgraciadamente el procesador es algo pobre y ya no se
puede actualizar, es un celeron a 400mhz, lo cuál
afectará el rendimiento a la hora de ejectuar algunas
aplicaciones que se tragan todo el sistema, la compu es
de uso casero, así que la seguridad en cuanto al sistema
de archivos no me preocupa, lo que sí y es por eso que
vengo a pedir su ayuda es si a la hora de instalar en
limpio cuando llegue al paso de formatear, no sé si
elegir entre ntfs o fat32 que es como está el disco
originalmente, ésto puede afectar el rendimiento de la
computadora?, cuál es mejor para mi caso? y si es uno o
el otro debe ser formato rápido o completo, perdonen el
discurso pero considere necesario explicarlo, gracias mil
a quien pueda ayudarme.

Alex.