Dudas sistema de archivo NTFS o FAT32

Hola grupo, mi asunto es el siguiente:

Quiero formatear mi PC y reinstalar Windows XP Home, pero deseo instalar
tambien Linux Fedora Core 4, leyendo el manual de usuario de Windows XP,
viene una mención de que se recomienda utilizar FAT32 como sistema de
archivos si se va a instalar más de un sistema operativo en una PC. ¿Es
correcto o sigo utilizando NTFS?, al fin y al cabo no me interesa acceder
desde Linux a los archivos alojados en la particion que utilizará Windows
XP.

Otra duda es que aparte deseo hacer otra instalación de Windows XP en el
mismo equipo a la cual solo le instalaré las actualizaciones críticas y
controladores de hardware necearios, es decir, en lo posible tener una
instalación "pura". Aqui la duda es respecto a la activación del producto,
¿como le hago? si tendré 2 instalaciones de XP en un solo equipo.

Saludos...