advertencia al convertir a ntfs

Hola amigos, hoy al convertir una partición de fat32 a ntfs desde la línea
de comandos, me ha salido un aviso diciéndome que perderé las copias de
seguridad del sistema.
Supongo que esas copias se refieren a qué el xp instalado es actualización
del 98.
El programa tiene programas de contabilidad.
Hay alguna posibilidad de que falle????
Paso del aviso y convierto????
Por otro lado, quisiera saber cómo quedan los permisos en cuanto a
seguridad, después de convertir una unidad. Si estando en fat32 había
carpetas compartidas sólo a ciertos usuarios (dados de alta previamente en
el pc que comparte), cómo quedarán estas carpetas configuradas por
defecto???
Gracias