error al convertir particion fat32 a ntfs help!!!!!!

hola
he instalado windows 2000 server en un pc al que tenia
windows 98, lo he hecho encima y en fat32 una vez hecho
esto en la consola ms-dos he ejecutado el comando convert
c: /fs:ntfs /v para convertir la unidad c de fat32 a ntfs
para poder instalar el active directory y configurar en
forma segura el servidor, el problema es que me pido
reiniciar para efectuar la conversion ya que era la
particion donde estaban los archivos win2k una vez que
reinicio hizo el proceso de conversion luego reinicia y me
da el error de que no encuentra el sistema oparativo...

alguien sabe como recuperar el sistema sin tener que
reinstalar ademas de que el disco que tengo de win2k no es
booteable por eso instale primero el win98
agradecido de su ayuda
samuel