Win 2000 Server lento cuando quiere...

Muy buenas, les comento un problema que como a casi los que
escribimos al foro me tiene loco y gracias por anticipado por su tiempo.

He instalado win2000 server con SP4 en una placa Intel Intel® Entry Server
Board SE7210TP1-E con Raid1, que me han cambiado en el servicio técnico
que compré el servidor, todo funciona a la perfección, por lo menos en la
instalación, no hay conflictos en el sistema. No tengo dominio, la red
está con un grupo de trabajo y al servidor lo van a atacar 5 puestos con
win98.
Hasta aquí bien, todo esto lo he hecho en una red independiente a la que
va montado el servidor.
El problema ha empezado cuando he conectado el servidor Intel con el
servidor que tengo de respaldo para copiar los datos, se ha caido por
completo, para copiar por red 800.000 Kb se ha tirado como 45 minutos...
He cambiado el cable, el Swith, y sigue igual, hay veces (para despistarme
más) que copia rápidamente, y otras que lento. Pero además tarda mucho en
abrir por ejemplo el Administrador de tareas, otras veces abre rápidamente
el explorador de Windows, otras se muere...
He visto el registro de sucesos, sólo hay un error "Error al cargar la
listas de trabajos BITS", código 16391, me he bajado de Microsoft el
parche y me sigue dando el mismo error en el registro de sucesos, pero el
tema es que le quito la red y unas veces me funciona rápido y otras lento.
Como veréis me tiene un poco mosqueado... ¿Me podéis orientar?

Saludos.