velocidad transferencia lenta

Buenos dias
Tengo una red con un 2003 server y tengo un problema:

Cuando intento pasar archivos por la red es excesivamente lento al
empezar(se queda como pensando). Una vez ya empieza todo ok.

El problema es que tengo un programa que cada cortos periodos de tiempo
envia archivos por la red.
Se me ralentiza muchisimo.Con cada archivos se lo piensa mucho(y son de
pocos kb).

Cual puede ser el problema? autenticacion? algo de las dns?

A alguien le ha sucedido algo parecido?

Gracias