Unidad C: y Service Pack 1a

Quizá sea tarde para preguntar esto... pero para la próxima

Cuando instalé Windows en limpio, cree una partición pequeñita (de unos 8
Mb) C: y Windows lo instalé en una diferente.
Cuando quise instalar el SP1, me dio error porque me decía que en C: no
había espacio suficiente... (lógico)

Total, que me tocó volver a particionar el disco, cree la partición C de 203
MB y Windows instalado en otra y ya no me dio problemas...

Mi duda es... ¿Por qué el Service Pack 1a se empeñó en meter ficheros (de
arranque de Windows, supongo) en la unidad C: si Windows está en otra
diferente?

Ahora mismo, de 203 Mb que es la unidad C: tengo ocupados 115 Mb ...

Y yo me pregunto... ¿Para que me sirve instalar Windows en unidades
diferentes de C: y D: si los ficheros de arranque están en C:? (y si cojo
virus se infectaría Windows igual?

¿Se puede hacer algo durante la instalación del SP para que no meta nada en
C:?

Gracias...