Una pequeña duda sobre la instalación (preparación HD)

Hola a todos,
tengo un W2003 server en un SCSI de 36 Gb. Una partición para el S.O de 15
Gb y el resto para una aplicación de gestión.
Pues bien, ha llegado la hora de formatear y reinstalar una vez lo hice
y tuve que eliminar la segunda partición, donde esta la aplicación de
gestión pues durante la instalación me metía ficheros del sistema en ella y
si los borraba no arrancaba... además, creo recordar que en el administrador
de discos me la marcaba como 'system partition' o algo así y yo quiero
que sea una partición independiente, libre...com si de un segundo hd se
tratase

No se si me explico... ¿podré conservarla tal cual o al instalar me meterá
cosas allí?

gracias y un saludo.


Alejandro Navarro