Subir archivos a un sitio Web sin mensajes del Firewall

Hola, que hay?
Tengo un programa Excel que al 'x' tiempo de abrirlo me hace copias de
seguridad de varios archivos. Estas copias necesito sacarlas del pc,
me dá igual que sea un sitio web o una dirección de correo (prefiero
sitio web pero bueno...). El programa se ejecuta desde una llave USB y
lo utiliza bastante gente en sus puestos de trabajo desde su ordenador
(lo digo para matizar que son varios ordenadores diferentes por lo que
comento a continuación). Para subirlos he probado mediante una Shell
que llama a un archivo 'BAT' pero el problema que veo es que salta el
'Firewall de Windows' preguntando si bloquea o no a ftp.exe.
¿Hay alguna forma de que no salte este mensaje?
¿Quizás (en el archivo bat) se puede a#adir alguna clave de registro
para desbloquear a ftp.exe y luego con otra clave dejarlo como estaba?
No se puede ir ordenador por ordenador configurando el 'Firewall de
Windows' y después volver a dejarlo como estaba y tampoco puede
configurarlo el usuario porque puede ser que coincida que se hace la
copia de seguridad cuando no está delante del pc.
Otra opción, ¿se podría subir mediante las API de Windows?
Otra opción que se me ocurre es la del correo, mandar los archivos a
una dirección de correo.

Bueno, pues aquí dejo esto vale?
Venga! gracias y un saludo