sobre seguridad

Como aplico seguridad a un folder que los usuarios normales no puedan borrar
o mover, pero que sierta aplicacion que corre dentro de ese folders si pueda
hacerlo.

O sea, si el usuario intenta por el browser borrar algun archivo o moverlo
no pueda hacer, pero que la aplicacion que tiene procedimientos de creacion y
borrado de archivos si pueda hacerlo sin problemas.

Se que a folders normales de usuario, solo tengo que quitarle la opcion de
boorar en permisos especiales, eso es cuando son folders compartidos por
varios usuarios, solo los administradores pueden borrar. Pero tengo
insertidumbre cuando se trata de un folder que tiene las aplicaciones de
negocios y las base de datos. Hasta ahora a ese folders el acceso es full
para todos los usuarios.