Seguridad en server FTP

Hola haber si me pueden ayudar un poco.
Tengo instalado IIS con FTP en un windows 2003 Enterprice en Un Dominio.
Esto se utiliza para crear carpetas en las cuales los usuarios escanean
documentos con equipos multifuncionales HP, en el multifuncional el usuario
selecciona su carpeta y los documentos escaneados van ahi directamente.
mi pregunta es.
A hacer la conexion del multifuncional via FTP al server necesito un usuario
para autentificar pero con privilegios de Domain user no se puede conectar
solo con permisos de administrador.
Alguien sabe si puedo poner otro tipo de permisos????
Y que tipo de seguridad tien ftp ya que en un Blog vi que la autentificacion
que hace el ftp los datos no van seguros y que podrian ser capturados.
Me refiero al user y password??

Gracias
Saludos