Estructura BD

Hola amigos, les planteo un caso que tengo.
Actualmente nuestra BD tiene cientos de tablas, algunas con millones
de registros, me han planteado que genere una miniestructura que
contemple algunas tablas de esta gran BD para una nueva sucursal la
cual tendra su propia BD y la cual nos replicara algunos datos a
nuestra BD principal.
Mi duda es como hacer la miniestructura, la salida mas general que
podria hacer es generar un backup de mi BD grande y de ahi ir
eliminando tablas y en algunos casos los millones de registros pues
esa BD nueva no tendra registros en un inicio; en lo que me gustaria
que me ayudaran es indicarme un procedimiento mas sencillo para la
tarea que me han propuesto, no se si alguien me puede dar una idea.

Muchas gracias...