Abrir enlaces web a archivos fuera del explorer

Hola a todos de nuevo.

Es posible que parezca un poco pesado pero por ahora nadie me ayuda a
resolver mi problema, y seguro que es una tonteria.

El tema es que cuando en una pagina web , un enlace apunta a un fichero, el
cual reconoce mi pc porque tengo la apicacionque puede abrirlo y trabajar
con el, en vez de abrirlo directamente su aplaicacion, va y lo abre el
explorer con las limitaciones que ello lleva consigo...

Y no es un problema de que tenga mal asociada la extension, porque los
ficheros se abren desde su aplicacion pero cuando vas a ellos a traves del
explorador de archivos, pero no es asi cuando esta enlazado desde una pagina
web.

Poe favor que alguien me ayude porqu estoy ya desesperado.

Gracias