quitar troyanos y demas desde fuera

Varias veces me he encontrado con equipos repletos de troyanos, spy, virus
etc, la mayoria sin el sp2.

La cuestion es que una vez que ciertos troyanos o virus (de alto nivel
tecnico) consiguen el poder (ejecutarse como privilegios de administrador)
eliminarlos desde el propio windows se convierte en un infierno, ni
ejecutando el antispy de ms ni el spybot ni ningun otro, alguno siguiendo
ciertos pasos de forma manual se acaban quitando.

Existe algun antispyware que pueda ejecutarse desde DOS con soporte ntfs?
desde un cd de arranque como el erd commander, livecd de linux ¿hay
antitroyanos que se puedan ejecutar en linux y limpie windows?

Tecnicamente si hay antivirus que funcionan desde disquete y muchas veces es
lo mas recomendable en este caso debera ser igual, pero supogno que como lo
que vende son las ventanitas, botoncitos y degradados...