¿A qué puede deberse esto?

Hola,
como comenté hace unos días perdí un disco duro al estropearse el
sistema de archivos, al final con el Pc Inspector File Recovery pude
recuperar algo. El caso es que he pasado el Ontrack EasyRecovery
(prueba de partición - sistema de archivos) al otro disco (primario
maestro, donde está el XP; el que petó está como primario esclavo) y
me dice que tiene errores graves, aunque funciona bien (ya he hecho
copia de todo por si acaso).
Lo que no entiendo viene ahora. Con un disco de inicio de w98se
elimino la partición del segundo disco y la vuelvo a crear. Le doy
formato NTFS a través del XP. Copio unos cuantos archivos y paso el
Ontrack, todo bien. Copio más archivos, muevo, borro,... y paso el
Ontrack y me detecta errores sin importancia, pero errores en el
sistema de archivos al fin y al cabo.
Repitiendo todo lo anterior, pero con FAT32, ningún problema.
La restauración de sistema de la unidad la tengo deshabilitada, por si
sirve de dato.
He pasado el memtest por si fuera problema de RAM pero está bien.
Mañana probaré a cambiar el cable de 80 hilos por si acaso...
En fin, si a alguien se le ocurre algo.

Gracias.