De plataforma PIII a PIV...

Que tal amigos..
Acabo de comprar un CPU nuevo con precesador PIV de 2,8Ghz y mi problema es
el siguiente...
Antiguamente yo trabaja en una PC PIII 750Mhz en la cual tengo programas que
no puedo volver a instalar si no llamo al proveedor...
tales como algunos programasde AFIP, companias de Seguros, contratos
digitales, confirma etc.
Con el programa Ghost yo espeje mi viejo disco sobre el nuevo que compre
pero resulta que al ser PIV , mi operativo dejo de bootear y me pone este
error..
"NO SE AH INICIADO WINDOWS2000 PORQUE NO SE AH ENCONTRADO ESTE ARCHIVO O
BIEN ESTA DAÑADO:
<WINDOWS 2000 ROOT>\SYSTEM32\NTOSKRNL.EXE
REINSTALE UNA COPIA DEL ARCHIVO MENCIONADO"

Mi pregunta es la siguiente, si reinstalo el Sist.oper. pierdo mis programas
instalados ? me mantiene la configuracion?
de no ser asi, como puedo solucionar este problema sin perder los programas?
desde ya muchas gracias a todos..
jorge
Rosario,Santa fe, Arg.