Perdida de la configuracion

Hola gente,
algo extraño ocurre, y en varias ocaciones
despues de haber cerrado el windows la noche anterior sin problemas
algunos de los usuarios de mi red inician sus pcs por las mañanas
y se dan con la sopresa q no pueden ejecutar el word, excel, autocad,
acrobat, etc, etc
aparecen mensajes como q falta algun dll, q se contacte con el
administrador, q vuelva a instalar la aplicacion, q el programa no esta
registrado en el sistema.
retiro el disco y lo conecto como esclavo en otra pc y no encuentro virus
(antivirus actualizado)
solo me queda formatear e instalar de nuevo el windows
q puede estar pasando?