particiones en usb stick

he hecho varias particiones en un usb stick, la cuestion es que al
detectarlo en el pc me abre el contenido de la primera (fat con arranque),
he probado a teniendo una segunda extendida con una logica, con 2
primarias y una extendida pero nada siempre me reconoce unicamente la
primera (y eso que todas las cree desde linux siguiendo el mismo proceso).
Ademas con discos duros ide he hecho esto multitud de veces y nunca me
paso nada parecido.

Desde el administrador de discos veo las particiones y me pone "Correcto"
la cuestion es que si las quiero formatear o asignar letra de unidad me
sale un mensajito que dice " La operacion no se completo porque la
particion o volumen no esta habilitado. Reinicie el equipo para habilitar
la particion o volumen".

Desde el propio windows sin utilidades de 3os hay forma de
habilitar/ocultar particiones y asignar flag de arranque, etc?