Modificar el valor de una variable de entorno

Hola, tengo una pequeña duda de como establecer el valor de una variable de
entorno que varia cada vez que se inicia la sesión. El problema es que tengo
un pequeño programita en C/C++ que genera un fichero bat con únicamente la
línea "SET IDSESSION=5" para después ejecutarlo antes de entrar en un
determinado programa. Necesito esta variable porque me almacena el ID de la
sesión Terminal Server abierta por el usuario en dicho equipo, este valor lo
lee una aplicación instalada en el equipo para su funcionamiento. El
problema es que por más que ejecuto el fichero bat, el valor de la variable
de entorno no se modifica, aún teniendo previamente definida en
Inicio->Panel de Control->Sistema->Opciones avanzadas->Variables de
entorno->Variables de usuario. He estado probando con el comando cmd.exe /C
/S "SET IDSESSION=5" y tampoco se actualiza el valor. ¿Alguna idea?.
Gracias.