LENTITUD EN WINDOWS 2003

Tengo Windows 2003 server, cometí un error, ya que puse de dominio la web de
internet que uso para introducir informacion, desistale AD y lo volvi a
montar, peo ahora me va de pena.
He reinstalado windows 2003, pero me sigue hacuiendo lo mismo. el mensaje
que esta en pantalla mucho tiempo es "aplicando la confihuracion del equipo"
al cabo de una hora introduzco el usuario y contraseña y se tira otra hora
mas con el mismo mensaje.
He quitado AD y DNS, he reiniciado y me entra rapido. He vuelto a
desinstalar AD y DNS y los he vuelto a montar, y una vez montado de nuevo,
se queda igual, tarda una eternidad en arrancar.
Para que tengas una idea. Antes tenia el dominio hola-amic.com, pero como
ese dominio ya estaba pillado en Internet, la gente cuando queria entrar en
ese dominio le daba que no encontraba la pagina, así que decidí cambiarle el
nombre al dominio. Primero desmonto, reinicio y lo vuelvo a montar con el
nombre intraner.amic.com. y cuando reinicio es cuando tarda 2,30 h. en
arrancar.
Alguna sugerencia para resolver esta incidencia?. No puedo formatear por que
hay programas que no se pueden borrar, dado que no hay copia.
Un saludo