problemas de lentitud con windows 2003

Buenos Días
Tengo el siguiente problema

Tengo un server 2003, en el cual esta instalada una aplicacion en cobol, mi
problema consiste en la lentitud en el procesamiento de datos desde
cualquier estación, cuando corro una consulta en el server esta se ejecuta
casi al instante, pero cuando ejecuto la misma se me demora de tres a cuatro
minutos, tengo procesos que en el server se demoran 3-4 minutos(es una
exportación de datos de un archivo de 190 MB, lo cual considero normal),
pero al ejecutar la misma exportacion desde un estacion esta demora de 20 -
30 minutos.

El proveedor del Software aconsejo aumenta la Ram del Server y de las
estaciones y no paso nada, el server quedo con 4 gb y las estaciones entre
1-2 gigas.

Estuve haciendo una prueba creando una red con un xp como server y una
estación conectada simulando la operación diaria, las consultas se demoran
para bajan en una proporcion muy alta, por ejemplo la primer consulta se
demoro casi 20 seg, y la mas larga solo se demoro 6 minutos.

Para lo cual doy el diagnostico de que es problema del server, en la parte
de instalación y/o configuración.

la red actual tiene un router como servidor DHCP, el servidor 2003 solo
actúa como una maquina mas pegada al router. y todas las estaciones se
logeaban como administrador(que locura), además estas maquinas estaban en un
grupo de trabajo aparte.

Realice las siguientes modificaciones:
El equipo tenia creado el directorio activo, solo cree los usuarios
independientes para cada maquina.
instale el server dchp, organizando otra tarjeta de red, para poder tener
acceso a internet, y las dos maquinas de prueba como estaciones que se
logean directamente en en dominio, el server esta dando la dirección a cada
maquina, unidades compartidas etc, etc, lo unico es que no consigo mejorar
el rendimiento, hagan de cuenta que no he realizado nada.

Ya no se que hacer, que me recomiendan, que herramientas de diagnostico
existen, cual es la configuración optima para un servidor de este tipo, he
sido un poco enemigo de modificar configuración existentes, ya que tengo a
los usuarios conectados y trabajando y de pronto me tiro es la conexión y ya
saben cual seria el resultado(asido, asido un placer).

Estoy seriamente pensando en una reinstalación desde cero, no se, que me
aconsejan

De antemano gracias por la atención prestada
Cordialmente
Eduardo Gamboa Pino