formatear win xp con archivos en NTFS

Hola a tod@s. Qué tal? Espero que pletóric@s. A ver si
alguien por favor me puede ayudar.
Tengo dos HD, C de 40G y D de 10G. En C tengo el sistema
operativo winXP con los archivos en NFTS. Pues bien,
entro en ms-dos para formatear C pero no lo hace. El
problema está que considera D de 10G como C de 40G, así
que cuando pongo A:\format c: en vez de formatearme el HD
de 40 hace el de 10.
Si le digo que formatee D: no lo hace, dice que no se
puede hacer.
Lo "malo" es que en windows todo está en orden, es decir,
C es C y D es D ¿cómo puedo hacer para solucionar
esto?... Es decir, que en ms-dos C es C y D es D.
Gracias por atenderme.
Un besito a tod@s
hasta prontito.