Error con las versiones del framework

Buenas tardes, tengo un servidor windows 2003, el cual tiene directorios
virtuales de aplicaciones .NET que usan las versiones 1.1.4322.0 y la
2.0.50727.0 del framework, y a cada rato truenan las aplicaciones y este
error deja en el registro:
"No se pueden ejecutar dos versiones diferentes de ASP.NET en el mismo
proceso IIS. Utilice la herramienta de administración de IIS para volver a
configurar el servidor y ejecutar la aplicación en otro proceso separado."
Ya busqué en Microsoft y google y lunico que encuentro es que configure
los
directorios virtuales para que utilicen tal o cual version del framework,
pero esto ya está hecho y aun asi da errores, alguien sabe algoa
respecto?'
Muchas gracias por su tiempo.