Duda con FTP en windows 2003

Hola a todo el foro,
Es posible asignar permisos de acceso y escritura a un directorio virtual
a
usuarios del directorio activo?

El tema es el siguiente, tengo un servidor web, y a ciertas carpetas,
algunos usuarios deberán subir ficheros y me gustaría que lo hicieran por
ftp, y el problema es que aplicando "permisos" (botón derecho -> permisos)
lo
que hace es aplicarles permisos ntfs, con lo que me afecta al acceso a las
páginas web. Y no quiero que me haga eso.

Espero que me hayais entendido.

Un saludo.