CHKDSK no me funciona (Was: UNMOUNTABLE_BOOT_VOLUME)

Tengo mi sistema configurado así:
C:/ Windows 98 en un HD PCI maestro (Fat 32)
Linux en otro HD PCI esclavo
D:/ Windows XP Pro SP1 en un HD serial Ata (NTFS)
E:/ Datos en otra partición del mismo HD que C (Fat 32)
F:/ Datos en otra partición del mismo HD que D (Fat 32)
G:/ CD-Rom
H:/ DVD
I:/ Unidad Zip (USB 2.0)

He tenido un problema con el error UNMOUNTABLE_BOOT_VOLUME (STOP

etc.)
MCP - MVP Windows Shell/User me propuso una solución, que aparece en el
knoledge center, que consiste en cambiar el cable IDE en el caso de que
fuera de 40 hilos en lugar de 80, y luego hacer chkdsk /r
Lo cierto es que el cable IDE era de 80 hilos (además tengo winXP en una
unidad Serial ATA, así que no parece que eso pudiera tener nada que ver)
Pero no consigo que chkdsk me funcione.

Lo trato de hacer de la siguiente forma:
Primero pongo el CD de WinXP en la unidad de CDROM
Reinicio la máquina y arranco desde el CD
Pulso F6 para poder cargar los controladores de mi unidad Serial ATA (si

lo hago, el sistema no ve esta unidad)
Cargo los controladores Serial ATA desde un disquette cuando se me pide

lo haga
En su momento, pulso "R" para acceder a la consola de recuperación
Pongo la contraseña de administrador
Hago chkdsk /r
Y casi inmediatamente, cuando ha chequeado un 3% del volúmen, se cuelga, y
no hay manera de que continúe.

En fin, que si a alguien se le ocurre que puedo hacer (aparte de format,
claro...) se lo agradeceré.

Saludos

Félix