Varios portales SPS en el mismo servidor

Hola:

Me he encontrado con muchos problemas cuando intento que convivan varios
portales SPS dentro del mismo servidor (me refiereo al frontal, no al de BBDD
o indices), sobre todo cuando cada uno de los portales tienen un diseño
distinto, no hablo solo de hojas de estilo .css si no también de la
funcionalidad de alguno de los .js como añadir o eliminar opciones de menús
contextuales. He leído en varios libros y artículos y la verdad que no tengo
nada claro qué debo hacer para modificar el aspecto o diseño a un portal sin
que afecte a los demás, cuando hablo de diseño también hablo de páginas de
configurción del sitio, de permisos insuficientes, de resultados de
búsqueda Microsoft una de las soluciones que propone es la duplicación de
uno de los directorios que hay por debajo de TEMPLATES, por ejemplo SPS y
cambiarlo de nombre SPSPortalNuevo después añadirlo al xml correspondiente,
modificar la configuración de SPS y listo, pero en la realidad y si un portal
tiene varios sitios por debajo de él no nos bastaría con copiar una sola
carperta también deberíamos copiar el directorio STS para los sitios, SPSTOC,
etc... no encuentro ninguna manera de hacer realmente independiente el diseño
de cada uno de los portales y es imprescindible.

Otra duda es si compartieran servidor de BBDD qué características debería
tener el servidor para soportar una carga de docuementos por ejemplo de 3
portales a 250Gb de documentos cada portal, podría haber problemas con el
crecimiento de la BBDD, problemas de conectividad, cluster?? Y el servidor de
índices lo podrían compartir también los 3 portales sin problemas, que
carácterísticas serían aconsejables para el servidor.

Muchas gracias.
J. Carlos