Unir dos empresas

buenas noches grupo,

tengo el siguiente escenario:
Empresa A en una ciudad con un directorio activo empresaA.local y tengo
Empresa B en otra ciudad con un directorio activo empresaB.local. Ambas
con Windows Server 2003.
la empresa A compro la empresa B.
actualmente estan conectadas por LAN to LAN y ambas redes se ven sin
problemas (responden pings y se conectan via RDP).

ahora, se requeire que los recursos como impresoras y carpetas compartidas
se puedan utilizar pero es aqui donde esta el problema.
debo establecer relaciones de confianza para lograr esto? o se puede hacer
de alguna otra forma?
ambas sedes cuentan con Windows Server 2003 y varios servidores
adicionales.

en la empresa B hay un servidor Windows 2000 miembro del dominio y creo
que esto es un impedimento para establecer relaciones de confianza ya que
no se puede elevar el nivel de dominio ni de bosque.

como hago para poder hacer que estas dos empresas se unan mediante
relaciones de confianza y puedan usar los recursos?

Agradezco su ayuda.

Carlos.