Tunning Consulta

Hola a todos, tengo una consulta que tarda 1'5 minutos en procesar, por lo
tanto cuando la lanzo desde un informe me devuelve un timeout.

He intentado hacer un sp para ver si la lanzaba mas rapido pero nada. Vi
algo en SQL Server desde el analizador de consultas que ponia Auto
tunning,
segui el asistente (sin saber ni donde estaba...) y cuando termino la
consulta se ejecutaba en 2 segundos. ¿Que es lo que hice? Sin embargo la
consulta si cierro el analizador y abro otra ventana vuelve a tardar 1,5
minutos.

Me podeis ayudar, agradeceria tanto alguna explicacion como un link a
algun
articulo o lo que sea.

Gracias
Fadoyo