Problemas en DNS despues de renombrar el dominio

Hola a todos.

Yo tengo un dominio de W2003 con 2 controladores de dominio que tambien son
catalogos globales. Todos los clientes son XP Pro.
Ambos son servidores DNS con la zona de dominio almacenada en AD y con
actualizaciones solo dinamicas.
Renombramos el dominio de .net a .local siguiendo el procedimiento de
Microsoft y finalizamos el proceso sin ningun problema o fallo.

Pero a raiz de algunos problemas que tenemos en la red, haciendo unos tests
de prueba, hemos detectado que algo no va bien.
En los 2 DCs el archivo netlogon.dns tiene almacenados registros del antiguo
dominio .net
De hecho, como no hicimos ningun cambio mas, tiene los registros duplicados:
una entrada para .net y otra para .local
Si borro manualmente las entradas del dominio .net y ejecuto los tests todo
esta correcto.
Pero al rato se vuelven a registrar en el archivo netlogon.dns las entradas
.net y los tests vuelven a fallar.

¿Sabe alguien que se puede haber quedado mal?
¿Por que se siguen registrando las entradas del dominio antiguo en el
netlogon.dns?
¿A que mas puede afectar esto?

Gracias a todos.
Dani P.