Problemas con el apagado de windows 2003

Al apagar windows con shutdown -r se apaga el equipo
totalmente. Eso esta muy bien si no fuese porque necesito
que se quede en el mensaje de "Ahora puede apagar su
equipo con seguridad" ya que cuando apago los equipos con
shutdown es por un corte de loz y quiero que se reinicien
cuando vuelva el suministro.
Tengo 5 equipos conectados a una UPS, pero solo uno esta
conectado por el cable serie. Este es el servidor de
dominio y antes de apagarse ejecuta un bat que apaga los
otros.
El problema del apagado es de windows ya que la
configuracion de la bios es la misma en los 5 equipos y
el que tiene linux no se apaga al hacer un shutdown.