Problemas al Publicar mi WebSite.

Buenos DIas / Tardes

Primero, agradeceros la atencion... ;)

Una duda (problema) con el que me llevo encontrando hace unos dias, y me
esta volviendo majara.

Tengo un servidor W2003 donde tengo levantado mi IIS, y donde publico las
soluciones Web que se me van solicitando. Hasta aqui, de lo mas corriente
y normal.. un entorno de lo mas comun...

pero llevo varios dias sufriendo una situacion bastante paradojica.

Tengo una aplicacion Web, con la que llevo trabajando varias semanas (aunque
me ocurre con todas mis web apps), y despues de compilarla, la publico. Hasta
aqui, parece que todo va como siempre a ido - bien, vamos- pero la verdad,
es que, al abrir el navegador, y al acceder a la direccion, me empiezan a
aparecer errores en la aplicacion - sobretodo, y la gran mayoria - son de
ficheros que no encuentra el servidor web ... como ¿?¿?¿?¿ que no encunetra
Juas, efectivamente, me cuelo en el IIS de mi server remoto, abro la consola
del IIS, y el el Directorio Virtual, veo que efectivamente, hay ficheros
que no se han copiado despues de la publicacion ajaxcontroltoolkit.dll,ficheros
aspx, imagenes... no sigen un patron concreto... quiero decir, unas veces
faltan unos, y otros pues otros archivos...

Ha alguien le ha sucedido algo similar..?????? Hay alguien que me pueda echar
un cable??????

Gracias de antemano.