probelmas con IIS 5 y IIS 6

Buenos dias.
les escribo porque tengo un problema con el IIS, tenia la
intranet de la empresa en un IIS version 5 y cambiamos de
servidor a uno 2003, pero las aplicaciones que teniamos
desarrolladas dejan de funcionar, si razon aparente. un
dia estan bien y al siguiente ya no funcionan. las
carpetas donde estan almacenados los archivos, se
pusieron con el atributo de solo lectura, y aun cuando se
cambia el atributo, este vuelve aparecer como solo
lectura. he hecho algunas modificaciones a los codigos y
al abrir los archivos despues, no aparacen las
modificaciones, de hecho en la propiedades de los
archivos verifico y me dice que la ultima modificacion,
fue de hace un año y no de dias atras.a que se podra
deber esta situacion. Ojala y me pudieran ayudar.
Gracias.