Posibilidades del instalador

Buenos días, tengo una aplicación para windows a la que le he añadido un
instalador con el propio .Net, es decir, no he usado ninguno de los
múltiples programas para hacer instaladores que hay por la red. Lo que me
gustaría saber es si se puede hacer que este instalador cree una estructura
de directorios dentro del directorio de instalación, cosa que no he logrado
hacer, es decir, digamos que yo instalo en C:\Archivos de programa\Mi
Aplicación, y ahí me lo instala todo junto, ejecutable, base de datos,... y
a mí lo que gustaría sería que, por ejemplo la base de datos tuviera su
propio directorio, otros archivos el suyo y así, pero no sé como hacerlo con
este instalador de .Net.
Y ya de paso, si sabeis como hacer que ponga un icono en el escritorio, o
cualquier otra cosa, la bomba.
Si se os ocurre alguna cosa os lo agradecería un montón.

Muchas gracias por todo
Roberto