Porque win2000 rompe win98 en instalacion dual ?

Saludos cordiales a todos...

Tengo instalado en mi Pc win98 y win 2000 pro, el primero con fat32 y el
2000 con NTFS. No aguanta mucho tiempo andando los dos, (una o dos semanas
arrancando uno u otro alternativamente), por alguna razon windows 98 deja de
bootear y solo anda win2000, ya probe varias veces incluso con fat32 para el
2000 y siempre pasa lo mismo

Alguien sabe como solucionar este problema ?. Desde ya muchas gracias

Marcelo