Por favor, ayuda para juntar registros de 2 BBDD

Hola a todos,

Por favor os agradecería me ayudaráis en lo que pudiérais en este tema, si
es que se puede hacer algo, porque es muy importante para mi.
Os cuento.

TEngo 2 BBDD en SQL Server 2000 que son completamente diferentes y que han
estado trabjando en equipos difererentes y sin niguna conexion entre ellos.

Pues bien, ahora en el trabajo me han dicho que hay que unificar los
registros de las 2 BBDD en una sola, ya que van a motar una red y quieren
que solamente se ataque a una BBDD, pero claro, que esa BBDD tenga los
registros de las 2.

Mi pregunta es: Hay alguna forma de unificar todos los registros de las 2
BBDD en una sola Base de Datos sin que se pierdan las relaciones que hay
entre los registros?
Como os digo os agradecería cualquier ayuda porque es un tema muy importante
y no tengo ni idea si verdaderamente se puede hacer.

La estructura de la BBDD está compuesta por 50 tablas , todas ellas con una
Clave Principal. Este es un resumen de 3 tablas. El resto estás organizadas
igual:

USUARIOS MAESTRO_USUARIOS_EDIFICIOS
EDIFICIOS

Id_Usuario int (PK) Id_Maestro_usuarios_edificios int (PK)
Id_Edificio int (PK)
Nombre varchar Id_Usuario
int Direccion varchar
Id_Eificio
int
Descripcion
varchar

Así hasta 50 tablas.

Os agradezco cualquier ayuda porque en este tema me la juego.

Un saludo

Rebeca.