Ejecutar aplicación desde WebService

Hola! mi problema es el siguiente. Me gustaría saber si es
posible invocar un WebMethod, y que este, a su vez,
realice una llamada a una aplicación que se encuentra en
local. He probado con SHELL y de diversas formas:

Shell("C:\Aplicacion.exe", AppWinStyle.NormalFocus)
Shell("\\172.29.2.2
\Recursos\Aplicacion.exe",AppWinStyle.NormalFocus)

La cosa es que el programa se me queda en memoria, pero
nada mas. No puedo ni terminar el proceso.

¿Alguien sabe si se puede hacer esto o que estoy haciendo
mal?
Muchas gracias por anticipado.