Desarrollar un setup de una aplicacion web

Hola Grupo, he llegado a la parte final de un proyecto asp.net y llega el
paso de distribuir el proyecto en un instalador. El problema es que es la
primera ocasión que voy a generar un archivo setup y tengo muchas dudas de
como generarlo. He realizado un proyecto de instalación web con el vs.net
2003 pero una vez que estoy en IDE añado los archivos pero no se exactamente
que archivos debo de incluir, se que por obvia razon son los aspx, los ascx,
los ensamblados y los componentes que utilize mi aplicación pero como los
ascx. y la mayoría de los archivos estan en subfolders no se si creo
manualmente los subfolders dentro del proyecto de instalacion y voy
añadiendo los archivos ?¿

Ustedes conocen algun sitio en el que expliquen o mencionen un ejemplo de
como generar un setup para un proyecto web ?¿

Gracias de antemano.
saludos.