Cual es la mejor manera de CONSTRUIR sentencias SELECT ?

Hola amigos que tal como están ?

Tengo una consulta : Estoy comenzando en SQL SERVER y necesito saber
cuál es
la mejor manera de construir las
sentencias SELECT.
Hasta el momento he trabajado mis consultas de la siguiente manera.
(Usando otras Bases de Datos) Ejemplo :

SELECT a.num_factura, a.fecha, a.cod_cliente, b.nom_cliente
FROM vta a, cliente b
WHERE a.cod_cliente = b.cod_cliente
AND &&&&& Todas las condiciones que quiero. etc.
Pero parece que en SQL SERVER debería de ser de éste modo :

SELECT a.num_factura, a.fecha, a.cod_cliente, b.nom_cliente
FROM vta a
INNER JOIN cliente b
ON a.cod_cliente = b.cod_cliente ;
WHERE &&&&& Todas las condiciones que quiero. etc.
La verdad, es que leí por allí que hacerlo de la primera forma afecta
el rendimiento.

Pero yo he trabajado en VFP 9.0 datos considerables y al contrario mis
queries han resultado más rápidos y eficientes
que los escritos usando el INNER JOIN que traía la aplicación por
defaul.t
(Es una aplicación que se compró a terceros en la empresa donde laboro
construida en VFP 9.0).
Por eso, ahora que tengo que comenzar a trabajar en SQL SERVER me
gustaría
saber, de acuerdo a su experiencia,
si en verdad afecta de manera sensible el rendimiento. Porque la
verdad
considero mucho más fácil hacerlo
de la primera manera. La segunda me parece es Transact SQL.
No omito, comentarles que la aplicación que pienso hacer es pequeña
por lo
que pienso utilizar la Versión Express
que soporta hasta 4 GB.
Les agradezco mucho su gran ayuda.