Constriant violation on primary key

Saludos, en esta ocasion me gustaria suber su opinion con respecto a lo
siguiente. Tengo una aplicacion que monitorea una carpeta esperando que
otra aplicacion escriba archivos de texto. Cuando encuentro un archivo lo
leo y lo importo a la base de datos (SQL Server 2000). Estiy usando VB
6 y .NET 2008 con ADO 2.7 y ADO.NET (respectivamenete).

Los archivos de datos estan clasificados en 2 categorias: transito y final.
Loas archivos "transito" son aquellos que van llegando durante el dia y
aquellos que son "final" se mandan una sola vez al cierre de la sesion:

div1_44139.transito
div1_37364.transito
div1_47322.transito
div1_48457.final

Usu el prefijo "div1" porque hay varias divisiones (mas de mil) y cada
division manda su conjunto de datos. Dentro de mi codigo tengo un
proceso similar al siguiente:

if dbExisteMovto(t) then
dbUpdateMovto(t)
else
dbInsertMovto(t)
end if

"t" es una estructura donde se guardan los datos pertinentes a la tabla
Movto. El esquema actual trabajaba muy bien hasta que la aplicacion
se dividio en dos. Debido a que el numero de divisiones cada dia es
mayor, la misma aplicacoin se instalo en otra PC. La primera instalacion
se configuro para que solo procese archivos "transito" y la segunda
para que procese los archivos "final".

El problema es que en ocasiones ambas aplicaciones procesan archivos
de la misma division al mismo tiempo, asi que la aplicacion verifica si
existe el registro, al comprobar que no entra a la rutina de Insert, pero
la otra rutina acaba de hacer un INSERT del mismo registro, asi que
cuando ejecuto el INSERT dentro de la otra aplicacion, el proceso
falla indicando una violacion de la llave primaria.

Para eliminar este problema estoy pensando armar una rutina usando
TSQL (y que se ejecute en el servidor) que verifique la existencia del
registro y realice el INSERT o UPDATE segun el resultado. Esto
definitivamente sera una mejoria a como lo tengo ahora, pero quiero
preguntarles a ustedes si esta es la solucion adecuada o si hay otra
mas apropiada para resolver este problema. Les doy las gracias por
su atencion a este post y por cualquier orientacion que se me pueda
dar. Saludos, Saga.