Compatibilidad entre ASP ó ASP.NET y Linux ó Unix

Hola amigos, gracias de antemano por la ayuda que me puedan prestar.
El problema que tengo es el siguiente: tengo un cliente el cual necesita que
le desarrolle una intranet pero utilizando "software libre" (lo coloco entre
comillas porque comparto la idea de muchos ponentes en este foro sobre lo
supuestamente libre que son). Dicho cliente desea el desarrollo en PHP y
MySQL. El servidor que tienen es Windows 2000 Server con IIS instalado. Yo le
recomendé que era mejor utilizar ASP o ASP.NET debido a que teniendo Windows
2000 Server y IIS la compatibilidad y el servicio que se le podía prestar era
mucho mejor y eficiente además que ASP no tiene ningún costo debido a que
prácticamente IIS lo reconoce sin ningún gasto adicional y que en el caso de
ASP.NET, lo que hacía falta era bajar el FrameWork lo cual también es
gratuito, que utilizando PHP y MySQL. Dicho cliente insiste en el desarrollo
de la intranet en PHP y MySQL debido a que probablemente instalarían Linux ó
Unix y eliminarían Windows como sistema operativo en general. La pregunta es
la siguiente: si desarrollo la intranet en ASP ó ASP.NET, ésta podría
funcionar sin ningún problema en equipos con Unix y Linux ? o hace falta
instalar algo adicional o hacer migraciones de una plataforma a otra ?

Gracias de nuevo por la ayuda que me puedan prestar