COMPARAR ARCHIVOS DE TEXTO PLANOS(TXT)

Tengo una situación que no e podido resolver, si alguien de ustedes pudiera
ayudarme se lo agradecería muchísimo, resulta que me encuentro realizando una
aplicación en visual Basic o asp para poder determinar el resultado de
exámenes aplicados al personal de la empresa donde trabajo, tenemos un
scanner que me genera un archivo plano(txt) con los resultados contestados
por cada empleado y otro archivo con las respuestas correctas igual en texto
plano(txt) lo que intento hacer es poder comparar esos archivos para poder
determinar cuantas preguntas contesto correctamente cada empleado

El archivo con las respuestas contestadas por cada empleado esta de la
siguiente manera

empleado1, ,A,A,A,B,A,B,A,A,A,B,B,A,B,B,B,B,A
empleado2, ,B,A,A,B,B,B,A,A,A,B,A,A,A,B,B,B,A
empleado3, ,A,A,A,B,B,B,A,A,A,B,B,A,B,B,B,B,A

Y el archivo con las repuestas es únicamente una línea

respuestas, ,A,A,A,A,A,B,A,A,A,B,A,A,B,B,B,B,B

En teoría lo que tengo que hacer es comparar ese archivo de respuestas
contra cada línea del archivo con las respuestas de los empleados y poder
determinar que el empleado1 tuvo
3 respuestas malas y 14 buenas, y así para todos los empleados, pero no
tengo ni idea de cómo hacerlo ya que nunca trabaje con archivos de texto
planos y para este caso no quieren que trabaje con bases de datos, por tal
motivo tengo trabajar solo con esos archivos de texto.

Les agradecería mucho su ayuda.