Cerrar Threads (hebras) de una aplicacion

Hola estoy realizando una aplicacion en la que hay chorrocientasmil clases,
y en bastantes de ellas he definido hebras, y mi duda es si al cerrar la
aplicacion se cierran automaticamente todas las hebras, si puedo controlar
que no se cierre hasta que las hebras terminen, o si puedo matarlas a todas
antes de cerrar, pq me parece por el funcionamiento de esto que las creo sin
problemas pero al cerrar la aplicacion siguen alguna de sus hebras activas,
ya que algunos ficheros q las hebras modifican se encuentran bloqueados tras
cerrar a las bravas la aplicacion. Es solo eso, muchas gracias