Asignar privilegios a una carpeta a través de un script

Buenas tardes!!

Situación actual: En la actualidad tenemos a todos los usuarios en un
dominio y a su vez esos usuarios pertenecen al grupo administrador,
quisiéramos quitarles este privilegio y cambiarlos al grupo users (sin
privilegios).

Problema: Una vez efectuado el cambio todas las aplicaciones funcionan
correctamente, excepto una, y la unica forma de que esto funcione es asignado
priviligegios de administrador al usuario sobre la carpeta donde se encuentra
la aplicación.

Solicitud:
¿Existe algún método tipo script que se pueda agregar en el logon script y
que asigne este privilegio a la carpeta de forma automática?