Arima Genomics completa la validación de los clientes y lanza los kits y servicios de Arima-HiChIP

Arima Genomics, Inc., una empresa de biotecnología enfocada en acelerar la adopción de la información de la estructura del genoma a la investigación médica, el diagnóstico y la terapia, anunció hoy el lanzamiento comercial completo de la aplicación HiChIP basada en su plataforma Arima-HiC existente. Gracias a este lanzamiento, los investigadores ahora pueden conseguir interacciones de cromatina de amplio alcance enriquecidas específicamente en las ubicaciones genómicas que ocupan las proteínas de interés de un solo experimento, lo que permite acelerar la velocidad de descubrimiento y publicación con costos reducidos.

Este lanzamiento público pone fin a un exitoso desarrollo del mercado y a los programas de pruebas beta que generaron más pruebas sobre la necesidad del mercado, optimizaron el desempeño del producto con un control de calidad mejorado y brindaron comentarios valiosos de las validaciones de los clientes. “Estamos muy conformes con los datos que obtuvimos con el protocolo Arima HiChIP”, afirmó Tamas Ordog, profesor de Fisiología en Mayo Clinic. “Los resultados muestran una buena reproducibilidad y una excelente calidad general, además de que el kit ahorra tiempo y costos de secuenciación. Sobre todo, valoramos los pasos sencillos que hay que seguir para llevar a cabo el control de calidad y la facilidad de uso. En general, Arima HiChIP es de gran importancia”. Peter Scacheri, el principal líder de opinión, profesor de Case Western Reserve University y miembro del Case Comprehensive Cancer Center, manifestó: “Estamos contentos con la calidad y naturaleza informativa de los datos de Arima-HiChIP”.

Los datos de HiChIP pueden informar a las bases mecanicistas de la regulación de genes y de cómo conduce finalmente hacia un estado de enfermedad. “El enriquecimiento de las características de cromatina activa a través del HiChIP de H3K27ac o H3K4me4 habilita nuestro descubrimiento de eventos de bucle de cromatina de alta resolución. Estos facilitan el control de genes en las células madre musculares durante la transición de un estado de reposo hacia la diferenciación en miofibrillas regeneradoras, durante la regeneración muscular en condiciones saludables, el envejecimiento o las enfermedades, tales como las distrofias musculares”, afirmó Lorenzo Puri, profesor del Programa de Desarrollo, Envejecimiento y Regeneración del Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute.

Con el reconocimiento del valor de HiChIP y la ausencia de kits validados de manera comercial, la comunidad científica había estado elaborando esta bioquímica. “Hemos estado preparando el HiChIP ya que brinda conocimientos críticos que, previamente, se obtuvieron al llevar a cabo experimentos de HiC y de la secuenciación de inmunoprecipitación de cromatina (ChIP-sequencing, ChIP-Seq) por separado”, expresó Yin Shen, profesor asistente de la University of California en San Francisco, quien estudia la genética de la neuropsiquiatría. “Arima-HiChIP generó una calidad y reproducibilidad de datos superiores, incluso con nuestras muestras neuronales más desafiantes y diferenciadas terminalmente, en las cuales nuestra versión casera anterior había fallado, y de este modo, ahorramos costos de repetición sustanciales”.

Los comentarios y los datos creados por los primeros clientes también fueron de ayuda para comprender el posicionamiento de HiChIP en el contexto de los ensayos relacionados, como HiC y la ChIP-Seq. En particular, mientras que el HiC refleja el marco global de la organización del genoma, el HiChIP enriquece las interacciones de cromatina específicas que se originan en ubicaciones genómicas específicas de interés para la investigación. Según los requisitos del estudio, el investigador puede aprovechar el HiC en su totalidad, un HiChIP de resolución más fina, o ambos. “El análisis combinado de estos datos HiChIP con nuestros datos HiC de todo el genoma es fundamental para comprender los marcos topológicos y de compartimentación más amplios que influyen en la regulación de genes, y las conexiones de resolución más finas entre los elementos reguladores en cis específicos”, agregó Puri.

En gran medida, debido a que los datos de interacción de la cromatina de HiChIP reflejan el plegamiento inherente (y el plegamiento incorrecto) del genoma en tres dimensiones, esto también puede informar aspectos de genes mal regulados en la reordenación de cromosoma de cáncer: los conocimientos cruciales que se pierden en los experimentos tradicionales de la ChIP-Seq. “Observamos las interacciones intracromosómicas reguladoras de cis a través de los genomas del cáncer, y, además, las interacciones intercromosómicas reguladoras de cis ectópicas en cromosomas reorganizados. Creemos que estos datos ayudarán a una mejor definición de la relación entre los eventos genéticos y epigenéticos que causan el cáncer”, agregó Scacheri.

En respuesta a las necesidades de los clientes sobre el análisis de datos, la empresa colaboró con socios académicos con el fin de optimizar las herramientas de bioinformática de código abierto validadas por la comunidad, como MAPS. La cartera de Arima MAPS genera, de manera automática, estadísticas del control de calidad que se comprenden de manera sencilla y, al presionar el botón del usuario para continuar, genera mapas de calor que muestran la interacción de la cromatina y los diagramas de arco para visualizarlos fácilmente en los navegadores del genoma. Además de los análisis de datos simplificados, el enfoque de la empresa para mejorar el servicio al cliente y la experiencia de soporte es parte de sus esfuerzos constantes para agilizar el descubrimiento y la publicación de las muestras. “El equipo de soporte técnico de Arima se ha destacado”, agregó Ordog.

La empresa ha desarrollado el HiChIP en su plataforma Arima-HiC existente con el objetivo de habilitar tanto el HiChIP como el HiChIP desde un kit universal de Arima. Además, la empresa amplió las operaciones y reforzó el equipo comercial para lograr que estos kits sean accesibles a nivel mundial. “El lanzamiento de nuestros kits y servicios de Arima-HiChIP validados por los clientes marca un hito importante, ya que permite la comercialización de un enfoque de HiC específico y también una mejora del ChIP-Seq tradicional”, aseguró Joseph Spidle, director comercial de Arima Genomics. “Nuestro objetivo es agregar aplicaciones significativas y relevantes a nivel científico a la plataforma de Arima-HiC mientras que democratizamos la disponibilidad de conocimientos genómicos estructurales para acelerar la investigación básica y la relacionada con enfermedades”.

Acerca de Arima Genomics

Arima Genomics, Inc. es una compañía de biotecnología que tiene como objetivo acelerar la comprensión de la secuencia y estructura de los genomas y su función en la salud, enfermedad y la evolución de las especies. Para obtener información adicional, visite: http://www.arimagenomics.com.

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