Aplicaciones aspx y sharepoint...

Hola,
no tengo muchos conocimientos en sharepoint y necesito resolver unas dudas.
Tengo que hacer correr unas aplicaciones aspx en un servidor donde hay
sharepoint. Estas aplicaciones no tienen ninguna relacion con el sharepoint.
Por defecto el sharepoint corre por el puerto 80, y todas las aplicaciones
también tienen que correr por el mismo puerto.
El problema es que mis aplicaciones en la mayoría utilizan ajax.

Las aplicaciones sin ajax no he tenido problemas pero con ajax no hay forma
de hacerlas funcionar.
Estas aplicaciones con ajax las he probado con un puerto dedicado en el
mismo servidor y me funcionan correctamente pero cuando lo hago con un
directorio virtual en el defaul web site del IIS... me da errores de
configuración.
Aqui me parece que es cuando entra el sharepoint y su web.config... pero
tampoco estoy muy seguro ni se muy bien que es lo que tengo que hacer..

Alguien tiene conocimientos o información al respeto??

Muchas gracias a todos!!!!

Saludo.