Actualización a Windows 2000

Buenas a todos:

Mi pregunta es la siguiente:
He actualizado un Windows 98 SE a Windows 2.000. Y todo ha ido bien, pero he
notado que en una carpeta que tengo colgando del escritorio, me ha dejado la
estructura de directorios, pero han desaparecido los ficheros que habia en
cada una de las carpetas. ¿Es esto posible, por haber actualizado?. ¿Como
podria recuperar la información?

Gracias todos y un saludo.